在HMCL里下载最新版本旧的版本里的存档回消失吗？

不会，但不能低版本打开高版本存档，否则......你懂的#(滑稽)

在HCML里下载新版本将下载jar到指定目录，启动时可以选择版本启动。如果没有修改默认设置，那么将与旧版本共享同样的save目录。
楼上说的有一定的不准确。1.9~1.10,1.11~1.12这两个是不能跨版本的，因为它们改写了方块存储方式。但是其他情况下是可以跨版本的

不会丢失，下载的仅仅是一个jar核心和相关的东西，在HMCL的左侧可以选择版本。不用担心

不会，但是注意，低版本的存档可以到高版本的存档中，但是可能某BUG会被修复不能用，并且高版本的地图不能导入低版本，因为物品不同 = 原版加载mod地图,需要注意是，某些版本地图格式与其他版本不相同。
地图存放于 .minecraft中的saves文件夹中