在新建GUI中，物品放入再打开会消失
如何保存这个物品并且读取上面的属性呢？

在别人的插件中看到了为玩家创建yml保存....
是可行的，，，那么对于一些属性插件是怎么兼容的？

简单粗暴，直接对象序列化

“在新建GUI中，物品放入再打开会消失”这是因为你的GUI是new出来的 如果想要物品放入不会消失 且不考虑其他玩家是否也能取得该物品的话 直接用static修饰GUI即可（或者根据玩家）
“如何保存这个物品并且读取上面的属性呢？” Bukkit已经为ItemStack实现了序列化，你只需要监听InventoryClickEvent拿到对应slot的ItemStack，直接保存到缓存中再储存在配置文件中即可